Операционный блок является структурным подразделением Научно-клинического центра №3. Руководит оперблоком кандидат медицинских услуг, врач высшей категории, Конорев Владимир Александрович. Окончил Российский национальный исследовательский медицинский университет имени Н.И. Пирогова в 2003 г. Стаж работы более 15 лет.
Операционный блок центра состоит из 5 операционных залов: операционная для оказания экстренной помощи, две плановые операционные, из них одна травматологическая, гнойная операционная вынесена за пределы операционного блока и «малая» операционная в Центре урологии и гинекологии. Операционный блок оснащен самым современным оборудованием ведущих зарубежных производителей. Широко используется метод «бескровных» операций с применением Cell Saver.